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WB實(shí)際條帶與預(yù)期不符?可算捋順了

閱讀:330      發(fā)布時(shí)間:2025-1-20
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  1、目的蛋白以其他形式存在,最常見(jiàn)的情況

 

● 翻譯后修飾:如糖基化,常見(jiàn)接受糖基化的氨基酸是絲氨酸(Ser)、蘇氨酸(Thr)、天冬酰胺(Asn)和羥賴氨酸(Hydroxylysine),例如CD2,根據(jù)uniprot顯示,其預(yù)測(cè)分子量應(yīng)該在39kda左右,但是表觀分子量一般在45kDa左右,這是由于CD2多個(gè)位點(diǎn)存在糖基化修飾,實(shí)際實(shí)驗(yàn)中,如果想探究分子量差異是否是由糖基化引起的,可以加入糖苷酶PNGase F切去糖基后,進(jìn)行WB,而除了糖基化以外,還存在磷酸化,泛素化、甲基化、乙酰化等多種翻譯后修飾。其中,糖基化、乙?;⒓谆ǔJ鞘贡碛^分子量變大,磷酸化通常不變或變大。

 

CD2理論分子量39kDa左右

 

表觀分子量45kDa左右

 

Uniprot中顯示CD2的糖基化

 

● 剪切:如Caspase-7存在多種形式:

 

1)Procaspase-7:Caspase-7的前體形式,分子量約為37kDa;

 

2)Intermediate caspase-7:中間形式的Caspase-7,分子量約為28kDa;

 

3)Caspase-7 p20:活化的Caspase-7的片段之一,分子量約為20kDa。

 

Procaspase-7是Caspase-7的未活化前體形式,具有較大的分子量。當(dāng)細(xì)胞受到凋亡信號(hào)刺激時(shí),procaspase通過(guò)自身切割或被其他caspase(如initiator caspases)切割激活,形成較小的活性亞單位這些亞單位結(jié)合在一起形成有活性的異二聚體。這種情況可以設(shè)置誘導(dǎo)組和非誘導(dǎo)組進(jìn)行驗(yàn)證。剪切后的表觀分子量會(huì)變小。

 

Caspase-7兔單克隆抗體的WB結(jié)果

泳道1: HeLa全細(xì)胞裂解物20ug

泳道2: Jurkat全細(xì)胞裂解物20ug

泳道3: HEK-293全細(xì)胞裂解物20ug

二抗:山羊抗兔IgG,(H+L),1/10000稀釋時(shí)綴合的HRP

預(yù)測(cè)分子量:34kDa

觀察分子量:28,35kDa

暴露時(shí)間:180s

 

● 多聚體和共價(jià)結(jié)合聚體:如果表觀分子量和預(yù)測(cè)分子量呈現(xiàn)倍數(shù)增長(zhǎng),需要考慮是否是多聚體,添加還原劑如DTT可以驗(yàn)證是否為非共價(jià)結(jié)合聚體。

 

2、蛋白異常遷移

 

● 對(duì)于分子量小于20kDa的蛋白

 

傳統(tǒng)的Tris-Glycine體系在用于SDS-PAGE(十二烷基硫酸鈉-聚丙烯酰胺凝膠電泳)時(shí),對(duì)于小分子量蛋白質(zhì)的分離效果不佳,主要原因在于以下幾個(gè)方面:

 

1)離子前峰的影響:在Tris-Glycine體系中,濃縮膠通常使用pH6.8的Tris-HCl緩沖液,而電泳緩沖液和分離膠則使用pH8.3左右的Tris-Glycine緩沖液。當(dāng)電泳開(kāi)始時(shí),甘氨酸(Glycine)在濃縮膠中的解離度較低,移動(dòng)速度慢,形成一個(gè)移動(dòng)的離子前峰。隨著電場(chǎng)的作用,甘氨酸逐漸解離并加速移動(dòng),在這個(gè)過(guò)程中會(huì)產(chǎn)生大量的自由十二烷基硫酸根離子(DS-),這些離子會(huì)與小分子量蛋白結(jié)合,導(dǎo)致它們聚集或變性,從而影響分辨率;

 

2)低分子量蛋白質(zhì)的遷移問(wèn)題:由于上述原因,小分子量蛋白質(zhì)在通過(guò)濃縮膠進(jìn)入分離膠的過(guò)程中可能會(huì)受到阻礙,導(dǎo)致條帶模糊、拖尾或分辨率降低。特別是在分離小于20kDa的蛋白質(zhì)或多肽時(shí),這種現(xiàn)象尤為明顯;

 

3)緩沖系統(tǒng)pH值的影響:Tris-Glycine系統(tǒng)的pH值較高,這可能導(dǎo)致小分子量蛋白質(zhì)在電泳過(guò)程中的某些修飾或降解,進(jìn)一步影響其分離效果。

 

因此推薦使用Tricine-SDS-PAGE體系對(duì)20kDa以下的小分子量蛋白質(zhì)或多肽進(jìn)行分離。Tricine作為電泳緩沖液成分之一,其pKa值較低(8.15),使得它在電泳過(guò)程中不會(huì)像甘氨酸那樣產(chǎn)生大量的游離DS-離子,從而減少了對(duì)小分子量蛋白質(zhì)的影響,并且能夠提供更高的分辨率。此外,Tricine-SDS-PAGE通常采用較低濃度的丙烯酰胺凝膠,以適應(yīng)小分子量蛋白質(zhì)的分離需求。

 

● 蛋白電荷或特殊結(jié)構(gòu)如氨基酸側(cè)鏈的特殊排列方式,電泳時(shí)存在遷移過(guò)快或過(guò)慢的現(xiàn)象。

 

3、蛋白marker的問(wèn)題

 

和非預(yù)染marker相比,預(yù)染marker雖然使用更加方便,但是由于偶聯(lián)了染料,也存在分子量偏移的現(xiàn)象,并且同一個(gè)marker在不同的電泳體系中,遷移速度也會(huì)有所偏差。

 

abs923預(yù)染蛋白Marker(10-245kDa)

 

4、樣本制備問(wèn)題

 

● 膜蛋白95度加熱變性會(huì)引起聚集,導(dǎo)致檢測(cè)條帶表觀分子量增大;

● 樣本變性或還原不che底會(huì)影響抗原表位暴露,進(jìn)而影響其遷移速率,樣本制備時(shí)一定要保證上樣緩沖液足量、在保質(zhì)期內(nèi)、并且要選對(duì)裂解液,看清具體成分;

● 樣本一定要新鮮,有些蛋白極易發(fā)生降解,制備時(shí)要注意。

 

5、排除以上問(wèn)題,最重要的就是要充分了解自己的樣本是否表達(dá)目的蛋白,以及表達(dá)豐度如何,并且查詢廠家的驗(yàn)證圖,了解抗體的特異性如何。

 

WB終于有跡可循了?。?! 

Wb好物推薦


類別

貨號(hào)

產(chǎn)品名稱

規(guī)格

樣本處理

abs9229

RIPA裂解液(強(qiáng))

100mL

abs9116

免疫印跡及免疫沉淀用(WB/IP)裂解液

100mL

abs9161

廣譜型蛋白酶抑制劑混合物(不含EDTA,100×DMSO儲(chǔ)液)

1mL

abs9162

廣譜型磷酸酶抑制劑混合物(100×儲(chǔ)液)

1mL

蛋白定量

abs9232

BCA蛋白定量試劑盒

500T

上樣

abs953

上樣緩沖液(2×)

10mL

abs9829

上樣緩沖液(5×)

10mL

Marker

abs924

預(yù)染蛋白Marker(10-180kDa)

250uL

abs923

預(yù)染蛋白Marker(10-245kDa)

500uL

abs90004

預(yù)染發(fā)光Western Marker

500uL

電泳

abs951

電泳液(10×)

1L

abs9359

Tris-Glycine-SDS電泳緩沖液(10×)

500mL

預(yù)制膠

Plastic gel、Glass gel等多款預(yù)制膠

凝膠試劑盒

abs9367

彩色PAGE快速凝膠試劑盒(10%)

1kit

abs9368

彩色PAGE快速凝膠試劑盒(12%)

1kit

abs9366

彩色PAGE快速凝膠試劑盒(8%)

1kit

轉(zhuǎn)膜

abs932

PVDF膜(0.45μm)

1卷

abs931

PVDF膜(0.22μm)

1卷

abs960

NC膜(0.45μm)

1卷

abs959

NC膜(0.22μm)

1卷

abs950

電轉(zhuǎn)液(10×)

100mL

封閉

abs9175

脫脂奶粉

500g

abs9915

Western Blot快速封閉液

500mL

一抗孵育

abs954

WB專用一抗二抗稀釋液

100mL

WB一抗(3萬(wàn)余產(chǎn)品,多指標(biāo)覆蓋)

內(nèi)參抗體

abs132001

Rabbit anti-β-Actin Polyclonal Antibody

100ug

abs830030

Mouse anti-GAPDH Monoclonal Antibody

1mL

abs830032

Mouse anti-β-Tubulin Monoclonal Antibody

1mL

二抗

abs20040

Goat anti-Rabbit IgG-HRP Antibody

500uL

abs20001

Goat anti-Mouse IgG-HRP Antibody

1mL

顯色

abs9213

DAB顯色試劑盒(紫藍(lán)色,WB)

1kit

abs920

ECL化學(xué)發(fā)光檢測(cè)試劑盒

25mL×2

abs9434

超敏型ECL化學(xué)發(fā)光檢測(cè)試劑盒

25mL×2

abs9435

極敏型ECL化學(xué)發(fā)光檢測(cè)試劑盒

25mL×2




 

Absin產(chǎn)品線:

爆款產(chǎn)品:試劑盒(mIHC、IHC、凋亡、ELISA、ChIP、Co-IP、TR-FRET、生化檢測(cè)、殘留檢測(cè)、多因子檢測(cè));細(xì)胞培養(yǎng)(類器官試劑盒+基質(zhì)膠,胎牛血清+培養(yǎng)添加劑+細(xì)胞因子)、分化試劑盒;分子(mRNA合成服務(wù)+提取試劑盒);化合物大包裝;輔助試劑、耗材/儀器、定制服務(wù)(抗體/多肽/蛋白/標(biāo)記/檢測(cè))...

特色產(chǎn)品:雞胚提取物CEE、B27、N2、霍亂毒素B亞單位CTB、牛腦垂體提取物BPE、百日咳毒素PTX、重組人胰島素Insulin、人源低密度脂蛋白LDL...

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