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直擴(kuò)PCR技術(shù)的使用場景及常見問題

閱讀:1465      發(fā)布時(shí)間:2023-11-30
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直擴(kuò)/直接PCR——Direct PCR,一種不需要額外提取DNA就能夠?qū)崿F(xiàn)體外DNA擴(kuò)增的技術(shù),省去提取基因組DNA的繁瑣程序,可以直接應(yīng)用于PCR的快速檢測。直擴(kuò)PCR最早應(yīng)用的領(lǐng)域是動(dòng)植物領(lǐng)域,比如鼠、貓、雞、兔、羊、牛等動(dòng)物的血液、組織和毛發(fā);植物的葉片和種子等,用來研究基因分型、轉(zhuǎn)基因、質(zhì)粒檢測、基因敲除分析、DNA來源鑒定、物種鑒定、SNP分析等領(lǐng)域。

這些領(lǐng)域有一些共同的特點(diǎn),那就是目標(biāo)基因的含量比較高,核酸提取麻煩,所以直擴(kuò)PCR不僅能夠節(jié)省時(shí)間,對結(jié)果的影響很小,同時(shí)也能節(jié)省成本。本文就一起來了解一下直擴(kuò)PCR技術(shù)的使用場景及常見問題。

在做分子實(shí)驗(yàn)時(shí),什么情況下建議使用直擴(kuò)PCR而不是常規(guī)PCR呢?

1.只需要提取樣品基因組DNA進(jìn)行PCR、分子克隆等實(shí)驗(yàn),不需要長期保存DNA。如基因型鑒定、CRISPR-Cas9陽性鑒定等;

2.樣品量較大時(shí),做PCR鑒定需要保存陽性樣本基因組DNA,也可使用Direct PCR進(jìn)行樣本初步篩選,有利于節(jié)約時(shí)間、成本;

3.樣本量較少,無法使用基因組提取試劑盒提取的樣品也可嘗試此方法。

直擴(kuò)PCR常見問題與解決辦法

Q1:擴(kuò)增無目的條帶?

A1:

1) 樣品

a.裂解樣品過多。建議按照說明書取樣進(jìn)行裂解;

b.樣品中抑制成分濃度過高。釋樣品后再取適量作為模板。

2) 引物

a.引物設(shè)計(jì)不合理;

b.引物降解;

建議用提取的DNA樣品作為對照,用試劑盒陽性引物對照進(jìn)行試驗(yàn),重新設(shè)計(jì)引物。

3)  程序:

a.PCR擴(kuò)增程序不合適。調(diào)整PCR程序(優(yōu)化退火溫度:使用降落PCR,梯度PCR,增加循環(huán)數(shù)至35~40個(gè)循環(huán)、延伸時(shí)間增加等)。


Q2:擴(kuò)增出現(xiàn)非特異條帶?

A2:

1) 引物:

a.引物設(shè)計(jì)不合理。重新設(shè)計(jì)引物(從引物5’端延長引物至25~30bp,Tm值65~67℃);

b.引物濃度過高。降低引物濃度。

2)樣品

a.裂解樣品過多。建議按照說明書取樣進(jìn)行裂解;

b.樣品中抑制成分濃度過高。釋樣品后再取適量作為模板。

3)  程序:

a.退火。優(yōu)化退火溫度,使用降落PCR,梯度PCR;

b.延伸。減少延伸時(shí)間;

c循環(huán)數(shù)。降低循環(huán)數(shù)。

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