單細(xì)胞基因組學(xué)技術(shù)目前正應(yīng)用得如火如荼，比如單細(xì)胞RNA測(cè)序（scRNA-seq）和染色質(zhì)轉(zhuǎn)座酶可接近性測(cè)序（ATAC-seq）。與傳統(tǒng)的大量細(xì)胞測(cè)序方法相比，單細(xì)胞基因組學(xué)技術(shù)突出了細(xì)胞之間的差異，有助于更深入地了解樣本材料。例如，scRNA-seq能夠比較健康和疾病狀態(tài)下的轉(zhuǎn)錄圖譜，而ATAC-seq能夠說(shuō)明染色質(zhì)可接近性及其對(duì)基因表達(dá)的影響。 不過(guò)，此類研究都需要對(duì)分離的細(xì)胞核進(jìn)行準(zhǔn)確計(jì)數(shù)，因?yàn)槲膸?kù)制備的要求是未裂解細(xì)胞的數(shù)量且樣本中不含細(xì)胞團(tuán)塊和碎片。此外，許多單細(xì)胞基因組學(xué)技術(shù)都需要完整的細(xì)胞核才能正常運(yùn)行。
細(xì)胞計(jì)數(shù)采用的方法？
臺(tái)盼藍(lán)染色法
臺(tái)盼藍(lán)染色是常用的對(duì)死活細(xì)胞進(jìn)行分別計(jì)數(shù)的方法之一，染色原理是臺(tái)盼藍(lán)不能透過(guò)活細(xì)胞完整的細(xì)胞膜，故活細(xì)胞不著色；而死亡細(xì)胞的細(xì)胞膜損傷，染料透過(guò)細(xì)胞膜在細(xì)胞內(nèi)富集而使細(xì)胞著藍(lán)色。不過(guò)，臺(tái)盼藍(lán)染色并不一定能準(zhǔn)確分辨有核細(xì)胞和細(xì)胞碎片，因此它往往低估細(xì)胞總數(shù)而高估細(xì)胞活力。
熒光細(xì)胞計(jì)數(shù)方法
吖啶橙/碘化丙啶（AO/PI）染色原理：活細(xì)胞經(jīng)AO染色發(fā)出綠色熒光，而死細(xì)胞經(jīng)PI染色發(fā)出紅色熒光。重要的是，對(duì)背景復(fù)雜的細(xì)胞，比如說(shuō)外周血單個(gè)核細(xì)胞，含有細(xì)胞碎片較多或成簇的細(xì)胞計(jì)數(shù)，避免了細(xì)胞碎片的檢測(cè)。這種方法近也應(yīng)用在單細(xì)胞基因組學(xué)應(yīng)用上，其中綠色對(duì)應(yīng)了完整細(xì)胞，而紅色對(duì)應(yīng)了成功分離的細(xì)胞核。這種策略讓研究人員能夠計(jì)算未裂解的殘留細(xì)胞占總細(xì)胞數(shù)的百分比，同時(shí)對(duì)細(xì)胞核進(jìn)行計(jì)數(shù)，提示樣本質(zhì)量，幫助研究人員確定是否繼續(xù)進(jìn)行單細(xì)胞基因組學(xué)流程。
全自動(dòng)熒光細(xì)胞分析儀明場(chǎng)+雙色熒光通道的結(jié)合使實(shí)驗(yàn)更加簡(jiǎn)單快捷，同時(shí)還具備轉(zhuǎn)染檢測(cè)功能，更加拓寬了檢測(cè)的寬度。檢測(cè)細(xì)胞種類更加龐大，不僅適用于單純的培養(yǎng)細(xì)胞，對(duì)從組織中、骨髓中、外周血、肺泡中、肝臟中分離出的種類和來(lái)源差異較大的細(xì)胞標(biāo)本，也可以快速的計(jì)數(shù)和分析。通過(guò)熒光標(biāo)記技術(shù)和圖像分類識(shí)別技術(shù)對(duì)顯微獲取的熒光數(shù)字圖像自動(dòng)進(jìn)行分析，獲取細(xì)胞的死活狀態(tài)、凋亡情況以及實(shí)現(xiàn)細(xì)胞的分類。
技術(shù)參數(shù)：
1、檢測(cè)模式多樣：非染色計(jì)數(shù)+染色計(jì)數(shù)+雙色熒光計(jì)數(shù)+人工校準(zhǔn)模式+轉(zhuǎn)染
2、自動(dòng)對(duì)焦，無(wú)需人工干預(yù)調(diào)焦
3、全自動(dòng)載物臺(tái)：可實(shí)現(xiàn)X、Y方向自動(dòng)運(yùn)動(dòng)；符合顯微鏡計(jì)數(shù)標(biāo)準(zhǔn)，可自動(dòng)采集4個(gè)標(biāo)準(zhǔn)面積區(qū)域；
4、像素：1000萬(wàn)彩色相機(jī)；
5、檢測(cè)細(xì)胞直徑范圍：2-200μm；
6、測(cè)量細(xì)胞濃度范圍：0.25x104-3×107個(gè)/mL；
7、可兼容重復(fù)使用標(biāo)準(zhǔn)玻璃計(jì)數(shù)板；
8、圖像采集：點(diǎn)擊計(jì)數(shù)鍵，儀器自動(dòng)拍攝4個(gè)區(qū)域圖像，自動(dòng)完成采集、存儲(chǔ)功能、識(shí)別、統(tǒng)計(jì)、生成報(bào)告等；圖像可進(jìn)行多通道疊加，圖像可調(diào)節(jié)亮度
9、具備復(fù)孔計(jì)數(shù)模式:可自動(dòng)獲取同一計(jì)數(shù)片上兩個(gè)樣品槽中的細(xì)胞圖像,軟件自動(dòng)計(jì)算平均值,結(jié)果更精準(zhǔn)
10、模式識(shí)別功能：細(xì)胞碎片排除分析；成簇細(xì)胞的單個(gè)細(xì)胞計(jì)數(shù)；不規(guī)則細(xì)胞計(jì)數(shù)；提供的數(shù)據(jù)分析圖表包括但不限于：細(xì)胞直徑分析；細(xì)胞直徑均值分析；細(xì)胞大小直方圖；細(xì)胞直徑-亮度散點(diǎn)圖；細(xì)胞直徑-亮度等高線圖；生長(zhǎng)曲線圖；聚團(tuán)分布圖；四個(gè)區(qū)域細(xì)胞原始圖；四個(gè)區(qū)域細(xì)胞死活識(shí)別標(biāo)識(shí)圖；四個(gè)區(qū)域拼接圖；提供拼圖看圖工具，所有計(jì)數(shù)歷史數(shù)據(jù)均可隨時(shí)調(diào)出查看及追溯。
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