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高通量建庫(kù)儀在GWAS大量樣本測(cè)序研究中的應(yīng)用

閱讀:43      發(fā)布時(shí)間:2025-4-17
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GWAS(Genome-Wide Association Study)-全基因組關(guān)聯(lián)分析,是一種在全基因組范圍搜索遺傳變異位點(diǎn),并與性狀進(jìn)行關(guān)聯(lián)分析的一種方法,通過比較基因型與表型,鎖定與目標(biāo)性狀相關(guān)的基因位點(diǎn)。



GWAS

目前常見的應(yīng)用領(lǐng)域

農(nóng)業(yè)分子育

揭示關(guān)注農(nóng)藝性狀的遺傳基礎(chǔ)(產(chǎn)量、抗逆性、品質(zhì)等),探索遺傳學(xué)機(jī)理,為分子育種提供指導(dǎo)和支持。

疾病研究

尋找特定疾病(例如心血管疾病、精神類疾病、癌癥等)相關(guān)的遺傳變異位點(diǎn),了解疾病發(fā)病機(jī)制,為早期預(yù)防和治療提供靶點(diǎn)信息。


在農(nóng)業(yè)領(lǐng)域

動(dòng)植物GWAS研究流程及內(nèi)容



GWAS研究中,一般自然群體材料的樣本數(shù)量要求至少200個(gè)以上,而針對(duì)復(fù)雜性狀,樣本數(shù)量的要求更多,以便得到更為準(zhǔn)確的功能基因定位(表1:水稻GWAS已發(fā)表文章中的樣本數(shù)量)。

表1

針對(duì)群體數(shù)量較大的GWAS研究,在測(cè)序前期濕實(shí)驗(yàn)的建庫(kù)環(huán)節(jié)無疑是一個(gè)巨大的工作任務(wù),無論是全基因組GWAS,還是簡(jiǎn)化基因組GWAS,都給人工建庫(kù)帶來挑戰(zhàn),而高通量的自動(dòng)化建庫(kù)儀為大量樣本的建庫(kù)提供了一個(gè)高效、穩(wěn)定、安全的工作平臺(tái),單個(gè)工作日可完成200-300個(gè)基因組文庫(kù)的構(gòu)建。

Vitae 180 NGS-96建庫(kù)儀

大量樣本測(cè)序研究中的應(yīng)用




Vitae 180 NGS-96建庫(kù)儀適用于高通量(96個(gè)樣本/run)的建庫(kù)需求,可自動(dòng)化完成各類文庫(kù)構(gòu)建流程;包含建庫(kù)所需要的所有功能模塊(PCR板冷槽、PCR 板加熱模塊、PCR 板振蕩模塊、PCR板磁力架、PCR儀),滿足不同建庫(kù)流程的需要。

全基因組建庫(kù)流程

盤面布局

產(chǎn)品特點(diǎn)

產(chǎn)品參數(shù)

參考文獻(xiàn)

[1] Chen W, Gao YQ, Xie WB et al., Genome-wide association analyses provide genetic and biochemical insights into natural variation in rice metabolism[J]. Nature Genetics (2014)

[2] Yang WN, Guo ZL, Huang CL et al., Combining high-throughput phenotyping and genome-wide association studies to reveal natural genetic variation in rice[J]. Nature Communications (2014)

[3] Si LZ, Chen JY, Huang XH, et al., OsSPL13 controls grain size in cultiv ated rice[J]. Nature Genetics (2016)

[4] Yano K, Yamamoto E, Aya K, et al., Genome-wide association study using whole-genome sequencing rapidly identifies new genes influencing agronomic traits in rice[J]. Nature Genetics (2016)

[5] Meyer RS, Choi JY, Sanches M, et al., Domestication history and geographical adaptation inferred from a SNP map of African rice[J]. Nature Genetics (2016)

[6] Guo Zilong, Yang Wanneng, Chang YuMa et al., Genome-Wide Association Studies of Image Traits Reveal Genetic Architecture of Drought Resistance in Rice[J]. Molecular Plant(2018)

[7] Zilong Guo, Xiao Liu, Bo Zhang et al., Genetic analyses of lodging resistance and yield provide insights into post-Green-Revolution breeding in rice[J]. Plant Biotechnology Journal(2020)

[8] Cong Zhou, Qian Zhang, Yu Chen et al., Balancing selection and wild gene pool contribute to resistance in global rice germplasm against



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