偏光顯微鏡一般分為專業(yè)偏光和簡易偏光兩種。其是用于研究所謂透明與不透明各向異性材料的一種顯微鏡。偏光顯微鏡用于檢測具有雙折射性的物質(zhì)，如纖維絲、紡錘體、膠原、染色體等等。和普通顯微鏡不同的是：其光源前有偏振片（起偏器），使進入顯微鏡的光線為偏振光，鏡筒中有檢偏器（一個偏振方向與起偏器垂直的的起偏器），這種顯微鏡的載物臺是可以旋轉(zhuǎn)的，當(dāng)載物臺上放入單折射的物質(zhì)時，無論如何旋轉(zhuǎn)載物臺，由于兩個偏振片是垂直的，顯微鏡里看不到光線，而放入雙折射性物質(zhì)時，由于光線通過這類物質(zhì)時發(fā)生偏轉(zhuǎn)，因此旋轉(zhuǎn)載物臺便能檢測到這種物體。因此凡具有雙折射的物質(zhì)，在偏光顯微鏡下就能分辨的清楚，當(dāng)然這些物質(zhì)也可用染色法來進行觀察，但有些則不可能，而必須利用偏光顯微鏡。

　　將普通光改變?yōu)槠窆膺M行鏡檢的方法，以鑒別某一物質(zhì)是單折射（各向同行）或雙折射性（各向異性）。雙折射性是晶體的基本特性。因此，偏光顯微鏡被廣泛地應(yīng)用在礦物、化學(xué)等領(lǐng)域，在生物學(xué)和植物學(xué)也有應(yīng)用。一般運用在植物學(xué)或者醫(yī)藥生物學(xué)領(lǐng)域的偏光鏡為簡易偏光鏡，只需在普通生物顯微鏡的基礎(chǔ)上添加偏光附件（檢偏器和起偏器）；在礦物、化學(xué)領(lǐng)域就需要專業(yè)偏光顯微鏡才能看清。專業(yè)偏光顯微鏡除了需要加裝起偏器和檢偏器之外，還需要配備專業(yè)的偏光物鏡以及偏光載物臺和偏光轉(zhuǎn)盤。

在顯微鏡下，由于某些物質(zhì)的光學(xué)特性，普通正置顯微鏡不能看清楚其內(nèi)部結(jié)構(gòu)，而其擁有另外一種特性，比如細胞中有些物質(zhì)，如葉綠素等，受紫外線照射后可發(fā)熒光；另有一些物質(zhì)本身雖不能發(fā)熒光，但如果用熒光染料或熒光抗體染色后，經(jīng)紫外線照射亦可發(fā)熒光，利用這種物質(zhì)的光學(xué)特性，研發(fā)出了專業(yè)的顯微顯示設(shè)備，即熒光顯微鏡。熒光顯微鏡就是對這類物質(zhì)進行定性和定量研究的工具。熒光顯微鏡的準(zhǔn)確定義是指選擇由高壓汞燈或類似光源發(fā)出的一定波長的激發(fā)光，激發(fā)細胞中某些被熒光染料標(biāo)記的物質(zhì)發(fā)射熒光，觀察細胞某種特異成分的分布狀態(tài)的顯微鏡。也可進行半定量測定。熒光顯微鏡就是對這類物質(zhì)進行定性和定量研究的工具之一。熒光顯微鏡和普通顯微鏡有以下的區(qū)別：

　　1.照明方式通常為落射式，即光源通過物鏡投射于樣品上；

　　2.光源為紫外光，波長較短，分辨力高于普通顯微鏡；

　　3.有兩個特殊的濾光片，光源前的用以濾除可見光，目鏡和物鏡之間的用于濾除紫外線，用以保護人目。

　　熒光顯微鏡也是光學(xué)顯微鏡的一種，主要的區(qū)別是二者的激發(fā)波長不同。由此決定了熒光顯微鏡與普通光學(xué)顯微鏡結(jié)構(gòu)和使用方法上的不同。

　　熒光顯微鏡是免疫熒光細胞化學(xué)的基本工具。它是由光源、濾板系統(tǒng)和光學(xué)系統(tǒng)等主要部件組成。是利用一定波長的光激發(fā)標(biāo)本發(fā)射熒光，通過物鏡和目鏡系統(tǒng)放大以觀察標(biāo)本的熒光圖像。其被廣泛的運用在生物學(xué)、醫(yī)藥研究領(lǐng)域。

顯微鏡汞燈是利用汞放電時產(chǎn)生汞蒸氣獲得可見光的電光源。一般的汞燈可分為低壓汞燈、高壓汞燈和超高壓汞燈三種。顯微鏡汞燈一般用于熒光顯微鏡的照明作用，配合熒光激發(fā)塊發(fā)出即發(fā)光。低壓汞燈點燃時汞蒸氣壓小于一個大氣壓，此時汞原子主要輻射波長為253.7nm的紫外線。常用的“日光燈”燈管內(nèi)壁涂以鹵磷酸鈣熒光粉，再將紫外線轉(zhuǎn)變?yōu)榭梢姽狻９?jié)能型熒光燈內(nèi)壁涂有稀土熒光粉，發(fā)光效率更高。