通常，我們將把照明系統(tǒng)置于載物臺(tái)的上方，同時(shí)把物鏡置于載物臺(tái)下方的顯微鏡稱為倒置顯微鏡。這種顯微鏡大大加長(zhǎng)了載物臺(tái)上放置樣品的高度，使其可放置各種培養(yǎng)皿、培養(yǎng)瓶等容器，這使得它更能夠輕松觀察活體細(xì)胞和組織。

  首先來說倒置顯微鏡的照明。倒置顯微鏡的照明系統(tǒng)是較為特別的，它通常借助于照明架和照明器座來被固定在載物臺(tái)上方，同時(shí)照明器座在照明架上的位置更隨著所使用的聚光鏡類型而有所不同。照明器座上一般都帶有濾片槽，用于相差觀察的相環(huán)槽以及一個(gè)光闌，而且它的上面更可以安裝照明器，下面也可以安裝長(zhǎng)工作距離聚光鏡。通常倒置顯微鏡所使用的照明器為6 V/15W簡(jiǎn)式照明器和12V/50W燈室，后者更能產(chǎn)生更強(qiáng)的照明光。同時(shí)兩種照明器都帶有調(diào)中螺旋，可以輕松進(jìn)行燈的調(diào)中。普通的倒置顯微鏡一般使用的一種透射光照明器，而較為的倒置顯微鏡更配備了落射光照明器。
  一般將其照明器安裝在鏡臺(tái)的后側(cè)方，照明光線可通過物鏡由下方落射到標(biāo)本上，使用者更可借助標(biāo)本的反射光來觀察物體的表面結(jié)構(gòu)及立體形狀，所以可以說其更適于觀察活體微生物及懸浮細(xì)胞，同樣也適用于觀察巖石、礦物、晶體標(biāo)本及金屬材料和部件的表面等。